Para instalar bajo Windows el servidor MySQL en otro directorio diferente al que se usa por defecto (c:\mysql), inclusive si el nuevo directorio contiene nombres de archivo largos, solamente hay que agregar un par de lineas al archivo de configuración my.ini ubicado en la carpeta de Windows (por defecto C:\Windows), de manera que el servidor sepa donde localizar los recursos.

Dentro de la sección mysqld, añadiremos o modificaremos los siguientes parámetros:
– basedir
– datadir

Hay que tener en cuenta que se deben reemplazar las contrabarras de Windows (\) por barras (/).

Si el nombre de directorio es largo, o contiene espacios, habrá que especificarse el correspondiente nombre corto. El nombre corto, lo podemos averigüar facilmente haciendo un listado de directorios en la consola de comandos con DIR /X.

Por ejemplo en mi caso, que tengo MySQL instalado en C:\Archivos de Programa\MySQL, los valores son:
basedir = c:/archiv~1/mysql/
datadir = c:/archiv~1/mysql/data/

Otro parámetro interesante que nos permitirá reducir el consumo de recursos del servidor, es desactivar el motor InnoDB si no lo vamos a utilizar. Por defecto solamente se usa MyISAM. Para ello dentro de la misma sección mysqld, habrá que agregar la linea:
skip-innodb