De entre los defragmentadores de disco gratuitos más populares, tenemos: JkDefrag, UltraDefrag, Defraggler y Auslogics Disk Defrag.

La lista podría incluir también a DefragNT, que revisé hace algún tiempo, y que a día de hoy parece que ha quedado abandonado por su desarrollador.

JkDefrag, es mi preferido por su simplicidad y flexibilidad. Es código abierto, hay versión nativa de 32 y 64 bits, utiliza la API de defragmentación de Windows, lo que reduce casi a cero la posibilidad de perder información durante el proceso, incluso en casos de falta de corriente.
Es interesante la posibilidad de funcionar unicamente cuando se activa el protector de pantalla. La interfaz de usuario, es espartana, pero al fin y al cabo, ¿quién se queda mirando el progreso mientras el PC defragmenta? No requiere proceso de instalación, más que lanzar el ejecutable. Con más de dos años en el mercado, es una aplicación madura. La única pega, es que de momento no permite defragmentación durante el proceso de boot.

UltraDefrag, es un proyecto de código abierto, que tiene una interfaz sencilla, pero funcional, está disponible en versiones de 32 y 64 bits, y a pesar de utilizar la API de defragmentación de Windows, la implementa desde un driver en modo kernel, que le permite saltarse algunos controles y restricciones del sistema durante el proceso. Además, permite desfragmentar archivos bloqueados en tiempo de arranque.

Defraggler, es el nuevo producto de los creadores de CCleaner y Recuva. En este sentido, Defraggler sigue una linea similar, productos simples, con una implementación aceptable y gratuitos. Tiene la mejor interficie de usuario del paquete, pero adolece de ser un proyecto todavía joven. No hay versión nativa de 64 bits, ni la de 32 bits es compatible con estos entornos.

Por último nos quedaría ver Auslogics Disk Defrag, del que ya hablé en su día.